Těžiště naší výzkumné činnosti představuje záchranná archeologie, jejímž základním smyslem je záchrana informací a nálezů, kterým hrozí nenávratné zničení způsobené zpravidla stavební činností. V průběhu několika let existence naší organizace byly metody terénních výzkumů detailně propracovány a v současnosti jsou již pouze dílčím způsobem přizpůsobovány konkrétním otázkám, jež jsou řešeny jednotlivými výzkumy a upravovány podle druhů výzkumů (zjišťovací, předstihový formou plošného odkryvu nebo sondáže, záchranný formou dohledu) a typu lokality (sídliště, pohřebiště, městská parcela atd.).

Příprava projektu výzkumu
První fází záchranného výzkumu je vytvoření projektu, na jehož základě je celý výzkum realizován. Při přípravě projektu se využívá všech dostupných informací, stavební dokumentace, geologického výzkumu, stavebně-historického výzkumu atd.. Teprve na základě těchto informací se předběžně stanoví rozsah a charakter možných archeologických situací na předmětné ploše a návrh postupu při jejich záchraně. Přesné informace o případných archeologických památkách však může poskytnout výhradně zjišťovací výzkum (např. sondáž).

Terénní archeologický výzkum
Následující a nejnáročnější fází je vlastní terénní výzkum. Jeho metody vychází především ze zkušeností, které byly získány při rozsáhlých plošných výzkumech městských parcel v historickém jádru Prahy a Brna. Používá se jednotný systém dokumentace, který vychází z britských vzorů a je podrobně popsána v "Manuálu vedoucího terénního archeologického výzkumu".

Laboratorní zpracování nálezů a vzorků
Velký důraz je kladen na včasné laboratorní ošetření nálezů a vzorků - evidenci keramiky, zvířecích kostí, konzervaci dřev, kůže, textilu a předmětů ze skla, železa a barevných kovů, které většinou probíhá již v průběhu nebo těsně po ukončení terénního výzkumu. Laboratoře navíc zajišťují i lepení a rekonstrukci keramických nádob. Stejně jako terénní výzkum podléhá i laboratorní zpracování metodickým standardům.

Zpracování terénní dokumentace do podoby nálezové zprávy
Zpracování terénní dokumentace, přesněji - kreseb, plánů, formulářových záznamů, fotografií atd., zpravidla probíhá paralelně spolu s laboratorním zpracováním nálezů a vzorků. Plány a kresby jsou překreslovány na papír, nebo vektorizovány přímo do počítače, formulářové záznamy přepisovány do připravených počítačových databází a dále vyhodnocovány, provedena je i evidence fotografické dokumentace a případně její digitalizace pomocí scanneru. Všechny takto zpracované informace jsou uspořádány v tzv. "nálezové zprávě", která již obsahuje i kompletní popis a interpretaci všech odkrytých archeologických situací. Po ukončení výzkumu je nálezová zpráva spolu s databázovými údaji na disketách či CD uložena v archivech Archeologického Ústavu AV ČR (v Praze a Brně) a společnosti ARCHAIA, kde mohou výsledky shlédnout a podrobně prostudovat i případní zájemci z řad veřejnosti.

Uložení nálezů
Nálezy vyzvednuté při výzkumu jsou zpravidla odevzdávány do příslušných regionálních muzeí. V případě, že muzea odmítají nálezy převzít vzhledem k omezeným kapacitám svých depozitářů, je tento státní majetek uložen v depozitářích v Plchově a v Brně na náklady společnosti ARCHAIA až do doby, kdy se podmínky muzeí zlepší. Pro zájemce je v našich depozitářích zajištěna možnost studia uloženého materiálu.

Prezentace výsledků veřejnosti
Výsledky jsou veřejnosti průběžně prezentovány populární formou zpráv v denním tisku, rozhlase a televizi, na jednotlivých archeologických výzkumech jsou organizovány dny otevřených dveří, a po ukončení výzkumu pořádány přednášky a výstavy.

Vědecké zpracování výzkumů
Vědecké zpracování jednotlivých výzkumů je ve společnosti ARCHAIA prováděno jednak v rámci záchranných projektů a jednak za pomoci  vnějších zdrojů – grantů. Výsledky výzkumů, jsou však především nedocenitelnými prameny, jež dále využívají badatelé nejrůznějších vědeckých institucí, ale i vysokoškolští diplomanti, k bližšímu poznání naší bohaté kultury a historie.