Plnění širokého spektra úkolů vyžaduje odpovídající personální a hmotné zajištění, stejně tak jako propracovanou organizační strukturu. Archaia má v současnosti jedno hlavní pracoviště v Praze.
V Praze jsou situována další pracoviště, z nichž některá jsou dočasná (zajišťují zázemí rozsáhlých a dlouhodobých výzkumů), jiná jsou stabilní (např. odloučené pracoviště pro zpracování nálezových souborů). Vzdělávání a popularizace se soustřeďuje do areálu Archeologického vzdělávacího střediska v Praze 6 - Liboci, jehož součást tvoří budovaný archeologický park (středisko experimentální archeologie středověku), přednáškové a výstavní prostory.

Rozsahu činnosti odpovídá i personální obsazení ústavu. Mimo odborné pracovníky Archaia disponuje asistenty arch. výzkumu, kteří zajišťují na archeologických výzkumech technické práce a řízení terénních pracovníků a specializovanými vedoucími laboranty, kteří jsou zodpovědní za vedení dvou stálých laboratoří vybavených pro základní zpracování rozsáhlých nálezových souborů. Personální obsazení doplňuje ekonomický, administrativní personál, pracovníci zajišťující materiálně - technické zázemí (údržba, sklad, zásobování), asistenti vedoucích výzkumů, terénní a laboratorní specialisté (fotografka, chemik - konzervátor, operátoři výpočetní techniky, kresliči a kresličky a keramička) a konečně základní kádr terénních pracovníků. Ten však je velmi omezený a rozrůstá se vždy v době velkých výzkumů, kdy jsou dělnické profese najímány na dohody mimo pracovní poměr.